Những Lỗi Phổ Biến Khi Lập Báo Cáo Quyết Toán Hải Quan

Báo cáo quyết toán hải quan là thủ tục gắn liền với các doanh nghiệp hoạt động theo loại hình gia công, sản xuất xuất khẩu và doanh nghiệp chế xuất.

Tuy nhiên, trên thực tế, rất nhiều doanh nghiệp vẫn mắc lỗi khi lập báo cáo, dẫn đến bị truy thu thuế, xử phạt hành chính hoặc rơi vào diện kiểm tra sau thông quan. Nguyên nhân chủ yếu là do thiếu hiểu biết về quy định, sai sót trong quá trình quản lý số liệu và chưa xây dựng quy trình nội bộ chặt chẽ.

Trong bài viết này, Xuất nhập khẩu Lê Ánh sẽ tổng hợp những lỗi phổ biến khi lập báo cáo quyết toán hải quan và cách khắc phục chi tiết, giúp doanh nghiệp nâng cao năng lực tuân thủ và phòng ngừa rủi ro một cách hiệu quả.

I. Giới thiệu về Báo cáo quyết toán hải quan

Báo cáo quyết toán hải quan là nghĩa vụ thực hiện đối với doanh nghiệp hoạt động theo các loại hình đặc thù gồm gia công, sản xuất xuất khẩu (SXXK) và doanh nghiệp chế xuất (DNCX) – theo quy định tại Điều 60, Thông tư 39/2018/TT-BTC.

Về bản chất, báo cáo quyết toán là hình thức đối chiếu, giải trình minh bạch quá trình sử dụng nguyên vật liệu nhập khẩu (miễn thuế hoặc chưa thuế) và tình trạng của sản phẩm đầu ra, hàng tồn, phế liệu, hao hụt… Báo cáo này chính là cơ sở để cơ quan hải quan đánh giá tính tuân thủ và hợp lý trong hoạt động sản xuất – xuất khẩu của doanh nghiệp.

Tại sao báo cáo quyết toán hải quan lại quan trọng?

Bởi vì:

• Quyết toán liên quan trực tiếp đến việc miễn/không miễn thuế nhập khẩu và VAT hàng nhập khẩu.
• Là cơ sở để cơ quan hải quan kiểm tra sau thông quan hoặc đưa doanh nghiệp vào diện rủi ro cao.

Nếu doanh nghiệp lập sai báo cáo, thiếu hồ sơ, số liệu không khớp → bị truy thu thuế, áp phạt hành chính nặng, thậm chí bị đình chỉ hoạt động xuất khẩu.

Rủi ro thường gặp do báo cáo sai hoặc thiếu:

• Bị truy thu hàng tỷ đồng do vượt định mức nhưng không có hồ sơ kỹ thuật đi kèm.
• Bị phạt 20–30 triệu đồng/lỗi theo Nghị định 128/2020/NĐ-CP.
• Bị đưa vào danh sách giám sát đặc biệt, mất uy tín với cơ quan hải quan.
• Không được tiếp cận ưu đãi, khó làm thủ tục hoàn thuế – miễn thuế.

II. Căn cứ pháp lý về báo cáo quyết toán hải quan

• Luật Hải quan 2014
• Nghị định 08/2015/NĐ-CP, sửa đổi bởi Nghị định 59/2018/NĐ-CP
• Thông tư 39/2018/TT-BTC – Hướng dẫn thủ tục hải quan đối với loại hình gia công, SXXK, DNCX
• Thông tư 06/2021/TT-BTC – Sửa đổi, bổ sung Thông tư 39
• Nghị định 128/2020/NĐ-CP – Xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực hải quan
• Luật Kế toán 2015, Luật Giao dịch điện tử 2023, Thông tư 78/2021/TT-BTC

Tính đến tháng 8/2025, tất cả các văn bản trên vẫn còn hiệu lực và là căn cứ pháp lý quan trọng để doanh nghiệp lập báo cáo quyết toán đúng quy định.

Khám phá chương trình đào tạo báo cáo quyết toán hải quan tại Lê Ánh, được thiết kế bởi chuyên gia làm nghề trên 15 năm kinh nghiệm, hướng dẫn thực hành thực tế lên BCQT cập nhật mới nhất về quy định hải quan. Đào tạo giúp học viên tối ưu hóa quy trình nhập khẩu nguyên vật liệu, xây dụng định mức, nâng cao hiệu quả hoạt động. Tìm hiểu chi tiết tại đây: https://xuatnhapkhauleanh.edu.vn/khoa-hoc/khoa-hoc-bao-cao-quyet-toan-hai-quan-chuyen-sau.html

III. Những lỗi phổ biến khi lập báo cáo quyết toán hải quan và cách khắc phục

1. Sai định mức tiêu hao nguyên vật liệu

Nguyên nhân:

• Doanh nghiệp chưa xây dựng định mức rõ ràng hoặc định mức chỉ mang tính ước lượng.
• Định mức không được cập nhật theo thay đổi thực tế sản xuất.

Hệ quả:

Nguyên phụ liệu vượt định mức bị coi là tiêu hao bất hợp lý → bị truy thu thuế nhập khẩu, VAT.

Căn cứ pháp lý:

Theo Khoản 52, Điều 1, Thông tư 39/2018/TT-BTC: “Định mức sử dụng nguyên liệu... là cơ sở để cơ quan hải quan kiểm tra việc sử dụng, quyết toán nguyên liệu.”

Tình huống thực tế phân tích sâu:

Công ty B chuyên sản xuất các loại nắp nhựa cho thiết bị điện tử để xuất khẩu (loại hình SXXK), nhập khẩu nguyên liệu chính là nhựa ABS. Theo định mức ban đầu được thiết lập là 0,3 kg ABS/chiếc, nhưng trong quá trình thực tế, do thay đổi khuôn đúc và gia công thêm chi tiết, mức tiêu hao tăng lên đến 0,38 kg/chiếc.

Do doanh nghiệp không cập nhật lại định mức mới và không có hồ sơ giải trình kỹ thuật kèm theo, khi cơ quan hải quan kiểm tra sau thông quan thì:

• Lượng nhựa vượt định mức bị coi là tiêu hao bất hợp lý
• Cơ quan hải quan truy thu thuế nhập khẩu + VAT cho phần vượt định mức, tổng số tiền lên tới 1,2 tỷ đồng
• Đồng thời phạt vi phạm hành chính 25 triệu đồng theo Nghị định 128/2020/NĐ-CP

Cách khắc phục:

• Mỗi khi thay đổi khuôn, quy trình → phải lập hồ sơ kỹ thuật, cập nhật định mức mới và nộp lại cho hải quan nếu cần.
• Lưu trữ các minh chứng giải trình dưới dạng bản mềm + chữ ký số, theo quy định của Luật Kế toán và Luật Giao dịch điện tử.

2. Chênh lệch số liệu giữa các bộ phận nội bộ

Nguyên nhân:

• Số liệu giữa bộ phận kế toán – kho – sản xuất – hải quan không đồng nhất.
• Không có quy trình đối chiếu định kỳ.

Hệ quả:

Báo cáo không nhất quán, không chứng minh được tính hợp lý khi bị thanh tra.

Cách khắc phục:

• Thiết lập quy trình kiểm tra chéo hàng tháng.
• Sử dụng phần mềm quản trị tập trung (ERP) đồng bộ dữ liệu.
• Phân công một bộ phận chuyên tổng hợp – soát xét trước khi gửi báo cáo.

3. Sai lệch hoặc thiếu mã hàng hóa

Nguyên nhân:

• Không cập nhật danh mục nguyên vật liệu, bán thành phẩm và thành phẩm.
• Ghi nhầm mã HS, mã hàng nội bộ hoặc không khớp với tờ khai hải quan.

Hệ quả:

• Không khớp dữ liệu trên hệ thống VNACCS.
• Bị nghi ngờ sai phạm hoặc gian lận thương mại.

Cách khắc phục:

• Chuẩn hóa mã hàng hóa nội bộ và khai báo thống nhất.
• Đối chiếu định kỳ với dữ liệu trên phần mềm hải quan.

4. Xuất hiện số âm, số dư bất hợp lý

Nguyên nhân:

• Hàng xuất vượt tồn.
• Không cập nhật phiếu xuất – nhập đúng thời điểm.
• Thiếu kiểm soát sản lượng sản xuất – tiêu hao.

Hệ quả:

Hệ thống hiển thị số âm kho hoặc dương bất thường → bị hải quan kiểm tra chuyên sâu.

Cách khắc phục:

• Kiểm kê thực tế trước khi chốt báo cáo.
• Thiết lập cảnh báo số lượng âm/dương trên phần mềm quản lý kho.

5. Nhầm loại hình xuất nhập khẩu

Nguyên nhân:

Sử dụng sai mã loại hình khi khai báo (ví dụ: dùng mã E31 thay vì E11).

Hệ quả:

• Hải quan từ chối báo cáo.
• Có thể bị áp thuế hoặc bị đánh giá gian lận.

Cách khắc phục:

• Đào tạo nhân sự nắm vững phân loại loại hình.
• Có checklist rà soát trước khi khai báo.

6. Số liệu không khớp với VNACCS hoặc ECUS

Nguyên nhân:

• Nhập liệu sai.
• Không xuất báo cáo trực tiếp từ phần mềm khai báo hải quan.

Hệ quả:

Cơ quan hải quan không chấp nhận báo cáo.

Cách khắc phục:

• Sử dụng tính năng “Kết xuất báo cáo tự động” từ phần mềm ECUS/ERP.
• So sánh chéo giữa phần mềm và báo cáo Excel trước khi gửi.

7. Không lưu trữ đầy đủ chứng từ

Nguyên nhân:

• Quản lý chứng từ thủ công, phân tán ở nhiều bộ phận.
• Mất hóa đơn, hợp đồng, phiếu xuất kho...

Hệ quả:

Không đủ cơ sở pháp lý giải trình khi bị kiểm tra sau thông quan.

Cách khắc phục:

• Lưu trữ tập trung dạng điện tử (theo Luật Giao dịch điện tử & Luật Kế toán).
• Thiết lập mã hồ sơ cho từng mã sản phẩm/gia công để dễ truy xuất.

8. Sai thời gian, kỳ báo cáo

Nguyên nhân:

Nhập nhầm kỳ báo cáo, kéo số liệu năm trước sang năm nay (hoặc ngược lại).

Hệ quả:

Báo cáo bị từ chối, phải điều chỉnh lại toàn bộ.

Cách khắc phục:

• Rà soát kỳ báo cáo theo đúng quy định tại Điều 60 Thông tư 39/2018/TT-BTC.
• Duyệt lại toàn bộ dòng thời gian của dữ liệu nhập – xuất – tồn trước khi nộp.

Một số lỗi thường bị bỏ qua:

• Doanh nghiệp xuất bán 1 phần nguyên phụ liệu nhưng không cập nhật báo cáo (dễ bị nghi ngờ chuyển tiêu thụ nội địa).
• Không kê khai phế liệu, phế phẩm → sai báo cáo tồn kho.
• Không thống kê đủ lượng hàng trả lại, hàng lỗi, hàng chuyển đổi mục đích sử dụng.

Đề xuất thêm từ góc độ chuyên gia:

Thêm một lỗi hay bị bỏ sót: Không khai báo đầy đủ tỷ lệ hao hụt – phế liệu – phế phẩm → khiến hàng tồn bị dư hoặc kho âm, đặc biệt trong ngành may mặc, nhựa, điện tử.

Đề xuất kiểm tra bổ sung:

• Có đối chiếu sổ sách giữa phần mềm kế toán (MISA, Fast, SAP…) với file báo cáo quyết toán chưa?
• Có lưu lại biên bản kiểm kê cuối kỳ không? Nếu không có, sẽ rất khó chứng minh tồn kho hợp lệ.
• Khuyến nghị tổ chức đào tạo hàng năm: DN nên tổ chức đào tạo cập nhật quy định mới và rà soát báo cáo trước khi gửi, nhất là với DN có trên 50 mã hàng hoặc doanh thu xuất khẩu lớn.

>>>>> Xem thêm: 

• Cách Tra Soát Số Liệu Báo Cáo Quyết Toán Hải Quan
• Hướng Dẫn Lập Mẫu Báo Cáo Quyết Toán 16/ĐMTT/GSQL
• Định Mức Báo Cáo Quyết Toán Hải Quan

IV. Checklist kiểm tra trước khi gửi báo cáo quyết toán

Báo cáo quyết toán hải quan là một khối lượng công việc lớn, liên quan đến nhiều phòng ban: xuất nhập khẩu, kế toán, kho, sản xuất, kỹ thuật và thậm chí cả bộ phận ERP/IT.

Việc lập một checklist chi tiết trước khi gửi báo cáo là bước quan trọng cuối cùng để đảm bảo không phát sinh sai sót đáng tiếc.

✅ Danh sách kiểm tra chi tiết:

V. Giải Pháp Phòng Ngừa Từ Gốc – Gợi Ý Cho Doanh Nghiệp

Xây dựng bộ quy trình chuẩn về báo cáo quyết toán ngay từ đầu.

Áp dụng phần mềm ERP hoặc phần mềm khai báo VNACCS có khả năng kết nối dữ liệu kho – kế toán – sản xuất.

Đào tạo định kỳ cho nhân sự XNK, kế toán, kho về nghiệp vụ quyết toán.

Lập kế hoạch kiểm kê kho định kỳ theo quý/tháng, không chờ đến sát kỳ báo cáo.

Tham gia các khóa học chuyên sâu về quyết toán hải quan, đặc biệt với doanh nghiệp có đơn hàng lớn hoặc xuất khẩu nhiều chủng loại.

Lập báo cáo quyết toán hải quan không chỉ là công việc “kỹ thuật” mà còn là một bài kiểm tra toàn diện hệ thống vận hành nội bộ của doanh nghiệp. Những lỗi nhỏ có thể gây hậu quả lớn nếu không được kiểm soát.

Việc nhận diện sớm lỗi – thiết lập quy trình kiểm soát nội bộ – đào tạo nhân sự – ứng dụng công nghệ sẽ giúp doanh nghiệp tránh được các rủi ro đáng tiếc như bị truy thu hàng tỷ đồng hay bị giám sát đặc biệt.

Hy vọng qua bài viết trên Xuất nhập khẩu Lê Ánh đã giúp bạn hiểu rõ về Những Lỗi Phổ Biến Khi Lập Báo Cáo Quyết Toán Hải Quan, để bạn áp dụng phù hợp, tránh những rủi ro, và thực hiện hữu ích cho công việc của mình.

Nếu bạn còn đang bối rối với báo cáo quyết toán hải quan – hãy bắt đầu từ hôm nay, và chọn cho mình một chương trình khóa học báo cáo quyết toán hải quan bài bản, thực chiến và có người đồng hành.

Thực hiện bởi: XUẤT NHẬP KHẨU LÊ ÁNH - TRUNG TÂM ĐÀO TẠO XUẤT NHẬP KHẨU THỰC TẾ SỐ 1 VIỆT NAM